2016年12月6日，棉花所组织所学委会成员对棉花所学科发展方向进行讨论，大家在优势学科发展、团队建设、资源整合等方面提出合理化建议。最后根据棉花所“十三五”科研规划和现有学科发展基础，确定了棉花遗传育种、棉花栽培生理、生物技术工程、小麦遗传育种、甘薯遗传育种、玉米遗传育种、植物保护、农业资源与环境、油料作物研究、果蔬研究等十个优势学科，这些学科将成为棉花所今后科研工作的主要支持方向。