始建于1948年的晋南农场，1979年定名为山西省农业科学院棉花研究所。2019年10月，山西农业大学与山西省农业科学院合署改革，成立新的山西农业大学，棉花所更名为山西农业大学（山西省农业科学院）棉花研究所。

研究领域：以农业应用基础研究和应用研究为主，主要从事棉花、小麦、玉米、大豆、油菜、甘薯、中药材、食用菌、果树、蔬菜、水产等20余种作物种质资源创新及新品种选育，同时开展栽培、植保技术、农产品加工、基因工程及脱毒快繁等研究，开展新技术、新产品的示范推广及产业化服务。

平台建设：拥有所部、杨包、南花、水头、尉庄5个试验基地，总面积1500亩。建设有现代农业产业技术体系甘薯综合试验站；国家中药材产业技术体系山药运城综合试验站；山西省新型研发机构；山西省果树苗木繁育及植保技术创新中心；山西省国际科技合作研发基地；山西省甘薯种质资源试管苗库（运城）；挂牌运城市重点实验室5个，分别为主栽油料作物种质创新、甘薯脱毒与应用、主粮作物遗传育种、果树种质资源创制与应用、中药材种质资源创新与利用。

人员队伍：现有在职职工184人，研究员8人、副研究员53人；博士21人、硕士59人；享受国务院政府特殊津贴专家1人，省学术技术带头人5人，省拔尖骨干人才6人；国家现代农业产业技术体系综合试验站站长2人；山西省现代农业产业技术体系岗位专家8人。

科研产出：建所以来，几代棉科人秉承“科技创新、服务两当”理念，开拓进取，砥砺奋进，共取得科研成果662项，获得各种奖励197项，其中，国家级奖7项，省部级一等奖25项、二等奖70项；先后育成小麦、玉米、棉花、油菜、甘薯、油葵、蔬菜等农作物新品种163个；获授权专利222个，其中，发明专利67个，实用新型及外观专利146个；立项省级及以上标准26项；获得新品种保护权26项，软件著作权20项，通过成果鉴定25项。发表各级学术论文2200余篇，其中，SCI论文38篇；出版专著16部。

获得荣誉：1998年被山西省委、省政府授予“模范集体”称号；2003年被山西省劳动竞赛委员会授予“山西省五一劳动奖状”；连续16年被省农科院授予“模范研究所”称号；2011年和2012年被运城市委、市政府授予“服务三农先进单位”称号；2012—2013年度获得运城市“文明单位”称号；2014年获山西省直文明单位称号；2019年获山西省直文明标兵单位称号。

发展目标：以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入贯彻习近平总书记关于农业科技的重要指示，以立德树人为根本，以强农兴农为己任，以科技创新为驱动，以技术服务为宗旨，努力建设成为“学科优势突出、区域特色鲜明的创新型农业研究所”，为中华民族伟大复兴的中国梦筑牢农业根基。