山西农业大学棉花研究所始建于1948年晋南农场，1978年定名为山西省农业科学院棉花研究所。2019年10月，山西农业大学与山西省农业科学院合署，成立新的山西农业大学，棉花所更名为山西农业大学棉花研究所（山西省农业科学院棉花研究所）。

作为山西农业大学驻运农业综合研究机构，棉花所以应用研究和应用基础研究为主，主要从事棉花、小麦、玉米、油葵、油菜、大豆、甘薯、食用菌、果树、蔬菜、中药材、水产等20余种作物种质资源创新及新品种选育，同时开展栽培、植保技术、农产品加工、基因工程及脱毒快繁等研究，开展新技术、新产品的示范推广及产业化服务；承担本科生、研究生的教学实训与培养任务；开展技术咨询、技术服务等社会服务，与其他科研院校、地方政府、农业龙头企业等合作开展科学研究、基地建设、人才培养等。

拥有所部、杨包、南花、水头、尉庄5个试验基地，总面积1500亩。建设有现代农业产业技术体系甘薯综合试验站、国家中药材产业技术体系山药运城综合试验站；被山西省科技厅认定为省级国际科技合作研发基地、省级新型研发机构；挂牌运城市重点实验室5个，分别为主栽油料作物种质创新运城市重点实验室、甘薯脱毒与应用运城市重点实验室、主粮作物遗传育种运城市重点实验室、果树种质资源创制与应用运城市重点实验室、中药材种质资源创新与利用运城重点实验室；建设有山西省果树苗木繁育及植保技术创新中心、山西省果树品种改良和工程技术研发中心、山西省甘薯种质资源试管苗库（运城）、棉花及各类作物资源种质库等试验研究平台。

研究所现有管理服务部门6个，分别是党政办公室、人事科、科研办公室、社会服务办公室、财务资产科、后勤保卫科。从事科研工作的科室12个，分别是生物技术研究室、棉花遗传育种研究室、小麦遗传育种研究室、玉米研究室、作物生理栽培与植保研究室、甘薯研究室、油料作物研究室、林果研究室、蔬菜研究室、资源与环境研究室、中药材研究室和农机装备研究室。

截止目前，全所现有在职职工193人，其中，研究员8人、副研究员56人； 博士22人、硕士57人。享受政府特殊津贴1人，省学术技术带头人5人，省拔尖骨干人才6人。研究所建所以来，几代棉科人秉承“科技创新、服务两当”理念，开拓进取，砥砺奋进，共取得科研成果662项，获得各种奖励197项，其中：国家级奖7项，省部级一等奖25项、二等奖70项；先后育成小麦、玉米、棉花、油菜、甘薯、油葵、蔬菜农作物新品种160个；获授权专利215个，其中，发明专利60个，实用新型及外观专利146个；立项省级及以上标准22项；新品种保护权23项，软件著作权20项，成果鉴定25项。发表各级学术论文2200余篇，其中，SCI论文30篇；出版专著16部。

1998年棉花所被山西省委、山西省人民政府授予“模范集体”称号；2003年被山西省劳动竞赛委员会授予“山西省五一劳动奖状”；连续16年被省农科院授予“模范研究所”称号；2011年和2012年被运城市委、市政府授予“服务三农先进单位”；2012年—2013年度获运城市“文明单位”；2014年获山西省直文明单位称号；2019年获山西省直文明标兵单位称号。

“博学笃志，唯实求新”。山西农业大学棉花研究所坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻党的二十大精神，贯彻落实党的教育方针，增强“四个意识”、坚定“四个自信”、做到“两个维护”，以立德树人为根本，以强农兴农为己任，正在向着建设成为“学科优势突出、区域特色鲜明的创新型农业研究所”的奋斗目标阔步前进！